Veille bibliographique : COVID-19 et épidémiologie

dernière modification de cette page : 28/05/2020

  • 28/05/2020 Facteurs de positivité de la PCR en soins premiers

De Lusignan S, Dorward J, Correa A, Jones N, Akinyemi O, Amirthalingam G, et al. Risk factors for SARS-CoV-2 among patients in the Oxford Royal College of General Practitioners Research and Surveillance Centre primary care network: a cross-sectional study. Lancet Infect Dis. 15 mai 2020;

Etude de cohorte britannique en soins premiers s'intéressant aux facteurs de risque de positivité d'une PCR à la recherche du SARS-CoV-2. Les hommes (OR = 1,55 IC95 % [1,27;1,89]), les citadins (OR = 4,59 IC95 % [3,57;5,90]), les habitants de zones défavorisées (OR = 2,03 IC95 % [1,51;2,71]), les obèses (OR = 1,41 IC95 % [1,04;1,91]) étaient plus à risque d'être positif au SARS-CoV-2. Les fumeurs l'étaient moins (OR = 0,49 IC95 % [0,34;0,71]).


  • 18/05/2020 Mortalité toute cause en Italie du Nord

Piccininni M, Rohmann JL, Foresti L, Lurani C, Kurth T. Use of all cause mortality to quantify the consequences of covid-19 in Nembro, Lombardy: descriptive study. BMJ. 14 mai 2020;369:m1835.

Etude épidémiologique observationnelle italienne s'intéressant à l'augmentation de mortalité toute cause durant le pic épidémique du COVID-19 à Nembro (Lombardie). Entre janvier 2012 et février 2020, la mortalité toute cause confondue était environ de 10 pour 1000 personnes-années (soit 10 décès pour 1000 personnes suivi pendant 1 an), avec un maximum à 21,5 pour 1000 personnes-années. En mars 2020, l'incidence était de 154,4 pour 1000 personnes-années. Sur les 11 premiers jours d'avril, la mortalité toute cause confondue était de 23,0 pour 1000 personnes-années.


  • 18/05/2020 BPCO et tabagisme actif

Alqahtani JS, Oyelade T, Aldhahir AM, Alghamdi SM, Almehmadi M, Alqahtani AS, et al. Prevalence, Severity and Mortality associated with COPD and Smoking in patients with COVID-19: A Rapid Systematic Review and Meta-Analysis. PloS One. 2020;15(5):e0233147.

Revue systématique de la littérature britannique s'intéressant aux liens entre tabac, BPCO et COVID-19. Elle a inclus 15 études dans l'analyse définitive regroupant 2473 patients dont 58 atteins de BPCO et 193 fumeurs. La prévalence de la BPCO dans ces études était de 2 %, la sévérité était supérieure chez les patients BPCO (RR = 1,88 IC95 % [1,4;2,4]), la mortalité ne l'était pas significativement (RR = 1,10 IC95 % [0,6;1,8]). Deux études ont analysé le tabagisme. Elles ont retrouvés que le tabagisme actif était associé à un plus fort risque de forme grave (RR = 1,45 IC95 % [1,03;2,04]).


  • 13/05/2020 Évolution épidémique à la levée du confinement en France et efficacité des mesures post-confinement

Hoertel N, Blachier M, Blanco C, Olfson M, Massetti M, Sanchez Rico M, et al. Lockdown exit strategies and risk of a second epidemic peak: a stochastic agent-based model of SARS-CoV-2 epidemic in France [Internet]. 2020. Disponible sur: https://www.medrxiv.org/

Etude épidémiologique française s'intéressant à l'évolution épidémique à la levée du confinement. Les données démographiques françaises, le nombre de lit d'hospitalisation en soins intensifs et les facteurs de risques de forme grave d'infection à COVID-19 ont été pris en compte dans le modèle. Les mesures post-confinement utilisées sont : le port du masque, le maintien de la distanciation social, le testing systématique des sujets suspects et des personnes contacts (sous 48h). En l'absence de mesure post-confinement, la saturation des soins intensifs se ferait en quelques semaines. L'utilisation de masque et de maintien de la distanciation sociale permettrait une réduction du nombre de cas et des décès (- 60 %) et de retarder la saturation des soins intensifs mais sans l'empêcher. L'application des mesures précédentes associée à la poursuite d'un strict confinement des personnes vulnérables (> 65 ans, facteurs de risques, …) pendant 38 semaines supplémentaires serait le seul scénario qui permettrait de ne pas saturer les services de soins intensifs. Cette association permettrait aussi de diminuer la mortalité de 62 % par rapport à ces mesures mais sans le maintien du confinement des personnes vulnérables. L'adhésion aux mesures de levée de confinement serait corrélée à une meilleure efficacité de ces mesures.


  • 13/05/2020 Outils de projection de l'évolution épidémique

Noll NB, Askamentov I, Druelle V, Badenhorst A, Jefferies G, Albert J, et al. COVID-19 Scenarios: an interactive tool to explore the spread and associated morbidity and mortality of SARS-CoV-2. medRxiv. 7 mai 2020;2020.05.05.20091363.

Article détaillant la mise en place d'un outil de simulation épidémiologique permettant de visualiser l'évolution de la morbi-mortalité du COVID-19 en fonction de données modifiables établi. En utilisant les données française (67 063 703 habitants, 408 245 lits d'hospitalisation, 19 326 lits de soins intensifs/réanimation et 12 patients contaminés au 12/02/2020), nous obtenons au 31/08/2020, en l'absence de stratégie de contrôle de l'infection : 880 000 morts et 63 millions de guérie, les soins intensifs sont dépassés de début avril à fin juin.


  •   13/05/2020 Transmission virale en période pré-symptomatique

Liu Q, Zhu J, Liu Z, Zhu Y, Zhou L, Gao Z, et al. Transmission in Latent Period Causes A Large Number of Infected People in the United States. medRxiv. 11 mai 2020;2020.05.07.20094086.

Etude épidémiologique chinoise s'intéressant au taux de reproduction (R0) du COVID-19 aux Etats-Unis avant le 29/04/2020. Le R0 représente le nombre de personnes contaminées par une personne malade en moyenne. Il est estimé ici à 4,06 (IC 95 % [1,86;6,73]). Il est estimé que 55,3 % (IC 95 % [55,1;60,0]) des infections sont transmises par des personnes durant la période d'incubation. Ceci montre l'intérêt d'un isolement des personnes-contacts.


  • 05/05/2020 Facteurs de risque de forme grave

Wang B, Li R, Lu Z, Huang Y. Does comorbidity increase the risk of patients with COVID-19: evidence from meta-analysis. Aging. 8 avr 2020;12(7):6049‑57.

Revue systématique de la littérature avec méta-analyse chinoise s'interessant aux facteurs de risque d'aggravation du COVID-19 (basée sur le passage en soins intensifs ou sur les symptômes). Elle a inclus 6 études rétrospectives pour un total de 1558 patients. L'hypertension artérielle (OR = 2,29 IC95 % [1,69;3,10]), le diabète (OR = 2,47 IC95 % [1,67;3,66]), la BPCO (OR = 5,97 IC95 % [2,49;14,29]), les maladies cardiovasculaires (OR = 2,93 IC95 % [1,73;4,96]) et les accidents vasculaires cérébraux (OR = 3,89 IC95 % [1,64;9,22]) sont des facteurs de risques de forme grave de COVID-19. Les maladies hépatiques, l'insuffisance rénale et les cancers ne sont pas retrouvés comme facteurs de risque.


  • 05/05/2020 Estimation des décès en institution

Etard J-F, Vanhems P, Atlani-Duault L, Ecochard R. Potential lethal outbreak of coronavirus disease (COVID-19) among the elderly in retirement homes and long-term facilities, France, March 2020. Euro Surveill Bull Eur Sur Mal Transm Eur Commun Dis Bull. 2020;25(15).

Etude épidémiologique française s'interessant au nombre de décès potentiel en EHPAD ou en unités de soins de longue durée dans le cadre de la pandémie de SARS-CoV-2. Sur une population d'environ 760 000 personnes, le nombre de décès est estimé entre 8 682 (1 %) et 24 177 (3 %) personnes, dépendant du taux d'attaque et du pourcentage d'institution touchée. 


  • 01/05/2020 Risque de transmission et intérêt du contact-tracing

Bi Q, Wu Y, Mei S, Ye C, Zou X, Zhang Z, et al. Epidemiology and transmission of COVID-19 in 391 cases and 1286 of their close contacts in Shenzhen, China: a retrospective cohort study. Lancet Infect Dis. 27 avr 2020.

Etude de cohorte rétrospective chinoise avec 391 cas et 1286 personnes-contacts s'intéressant au risque de transmission. Le taux de malade était le même chez l'enfant et en population générale (7,4 % vs 6,6 %). Le temps moyen d'incubation était de 4,8 jours (IC95 % [4,2;5,4]). Il a été estimé qu'environ 5 % des patients développerait les symptômes après 14 jours. La durée médiane des symptômes était de 20,8 jours (IC95 % [20,1;21,5]). Le risque d'être contaminé était 6,27 fois plus grand en présence d'un cas au domicile (IC95 % [1,49;26,33]. Les cas détectés en utilisant une surveillance des symptômes étaient confirmés plus tard que les cas détectés en utilisant le contact-tracing (repérage rapide des sujets contacts pour les isoler avant l'apparition des symptômes) (5,5 jours vs 3,2 jours après le début des symptômes). Le contact-tracing permettait un raccourcissement du temps avant l'isolement (2,7 jours vs 4,6 jours après le début des symptômes).  


  • 15/04/2020 Durée des symptômes, hospitalisation, létalité

Verity R, Okell LC, Dorigatti I, Winskill P, Whittaker C, Imai N, et al. Estimates of the severity of coronavirus disease 2019: a model-based analysis. Lancet Infect Dis [Internet]. 30 mars 2020 [cité 9 avr 2020]; Disponible sur: https://www.thelancet.com/  

Etude épidémiologique descriptive s'intéressant aux caractéristiques du virus. Elle se base sur des données internationales (jusqu'au 25 février 2020) de 38 pays (incluant la Chine continentale) fournit par les autorités de santé des différents pays. Le taux de létalité est estimé à 1,38 % des cas en population générale (0,0026 % pour les cas de 0 à 9 ans ; 5,79 % pour les cas de 60 et 69 ans ; 12,7 % pour les cas de 70 à 79 ans et 23,3 % pour les cas ≥ 80 ans). Le taux d'hospitalisation varie de 0,00 % pour les cas de 0 à 9 ans à 18,4 % pour les cas ≥ 80 ans. La durée des symptômes est estimée à 17,8 jours en Chine et 24,7 jours pour les autres pays.


  • 15/04/2020 Facteurs de risque de durée des symptômes

Mo P, Xing Y, Xiao Y, Deng L, Zhao Q, Wang H, et al. Clinical characteristics of refractory COVID-19 pneumonia in Wuhan, China. Clin Infect Dis Off Publ Infect Dis Soc Am. 16 mars 2020.

Etude de cohorte rétrospective chinoise de 155 patients hospitalisés pour COVID-19 s'intéressant aux facteurs de risque pour un critère de jugement composite sur la durée des symptômes (Patients présentant un soulagement des symptômes respiratoires après le traitement et/ou température corporelle normale pendant ≥ 3 jours sans utilisation de corticostéroïdes ou d'antipyrétiques et/ou amélioration des anomalies radiographiques et/ou séjour à l'hôpital de ≤ 10 jours. Sinon, il a été classé comme réfractaire COVID-19 vs les patients ne respectant pas ces critères). Un patient plus âgé (moyenne 61 vs 46 ans), un sexe masculin, la présence de co-morbidité, le diabète, les maladies cardiovasculaires, un essoufflement étaient significativement associés à une durée prolongée des symptômes, en analyse univariée. En analyse multivariées, seuls le sexe masculin (OR = 2,206 IC95 % [1,012;4,809]) et l'anorexie (OR = 3,921 IC95 % [1,444;13,443]) étaient significativement associés à une durée prolongée des symptômes.


  • 09/04/2020 Facteurs de risque de mortalité

Zhou F, Yu T, Du R, Fan G, Liu Y, Liu Z, et al. Clinical course and risk factors for mortality of adult inpatients with COVID-19 in Wuhan, China: a retrospective cohort study. Lancet Lond Engl. 28 2020;395(10229):1054‑62.

Étude de cohorte rétrospective chinoise de 191 patients adultes atteins de COVID-19 s'intéressant aux facteurs de risque de mortalité. Les analyses uni-variées retrouvent que le risque de décès est significativement supérieur en cas d'antécédent de coronaropathie (OR = 21,40, IC95 % [4,64;98,76]), de diabète (OR = 2,85, IC95 % [1,35;6,05]) et d'hypertension artérielle (OR = 3,05, IC95 % [1,57;5,92]) ainsi que lorsque la fréquence respiratoire est supérieure à 24 cycles/minute (OR = 8,89, IC95 % [4,34;18,19]). Cependant, les analyses multivariées ne retrouvent que l'âge comme facteur de risque clinique potentiel (OR = 1,10, IC95 % [1,03;1,17] pour chaque année supplémentaire).


  • 09/04/2020 Impact du confinement sur l'épidémie

Flaxman S, Mishra S, Gandy A, Unwin H, Coupland H, Mellan T, et al. Report 13: Estimating the number of infections and the impact of non-pharmaceutical interventions on COVID-19 in 11 European countries [Internet]. 35. 2020 mars [cité 1 avr 2020]. 

Rapport britannique sur l'impact possible des interventions de confinement dans 11 pays européens durant l'épidemie de COVID-19. Au 31 mars 2020, les interventions de confinement auraient permis une diminution de 59 000 décès (IC95% [21 000;120 000] par rapport à l'absence d'intervention dans ces 11 pays. En France, à la même date, elles auraient permis une diminution de 2 500 décès (IC95% [1 000;4 800]).