Epidémiologie et symptomatologie du COVID-19

• 23/03/2021 Le COVID-19, finalement, c'est comme la grippe ?

Piroth L, Cottenet J, Mariet A-S, Bonniaud P, Blot M, Tubert-Bitter P, et al. Comparison of the characteristics, morbidity, and mortality of COVID-19 and seasonal influenza: a nationwide, population-based retrospective cohort study. Lancet Respir Med. mars 2021;9(3):251‑9.

Etude française sur données de santé s'intéressant aux différences entre la grippe et le COVID-19 chez les patients hospitalisés. Les auteurs ont inclus 89 530 patients hospitalisés pour COVID-19 entre mars et avril 2020 et 45 819 patients hospitalisés pour grippe entre décembre 2018 et février 2019.

Les patients hospitalisés pour COVID-19 sont plus souvent des hommes que ceux hospitalisés pour la grippe (53,0 vs 48,3 %), ils sont légèrement plus âgés (âge moyen 65 vs 59 ans) et sont plus en surpoids (11,3 vs 6,1 %).

Il y a eu significativement plus de détresse respiratoire dans le groupe COVID-19 que dans le groupe grippe (27,2 vs 17,4 %) et plus d'évènement thrombo-emboliques (8,3 vs 2,6 %). Les patients ont été significativement plus souvent hospitalisés en soins intensifs (16,3 vs 10,8 %) avec une intubation (9,7 vs 4,0 %).

Le risque de décès (ajusté sur l'âge) est 2,82 fois plus important dans le groupe COVID-19 (16,9 %) que dans le groupe grippe (5,8 %).

• 23/03/2021 Comment et quand se contamine-t-on au SARS-Cov-2 en France ?

Galmiche S, Charmet T, Schaeffer L, Grant R, Fontanet A, Paireau J, et al. Etude des facteurs sociodémographiques, comportements et pratiques associés à l’infection par le SARS-CoV-2 (ComCor) [Internet]. Institut Pasteur, Caisse Nationale d’Assurance Maladie, IPSOS, Institut Pierre Louis d’Epidémiologie et de Santé Publique, Santé Publique France ; 2021 mars [cité 23 mars 2021]. Disponible sur : https://hal-pasteur.archives-ouvertes.fr/

Étude observationnelle française s'intéressant aux facteurs associés à la contamination par le SARS-Cov-2. Les données sont recueillies par un questionnaire sur internet adressé aux patients. Elle comporte deux volets.

Le 1^er volet s'intéressent au mode de contamination chez 77 208 patients atteints de COVID-19 et renseignés dans contact-COVID.

Entre 15 et 24 % des contamination se faisaient à l'intérieur du domicile et entre 21 et 28 % hors domicile (c’est-à-dire que le cas-index n'habite pas au domicile). 50 % des contaminations ont une source inconnue.

Parmi les contaminations au domicile, 55 à 64 % se faisaient via le conjoint et 25 à 33 % via les enfants.

Parmi les contaminations hors domicile, entre 18 et 33 % ont eu lieu au travail, entre 34 et 50 % en milieu familial élargi et entre 12 et 20 % se sont fait via le cercle amical. Les contaminations au travail ont eu lieu principalement lors d'activité de bureau (31 à 38 %) ou lors de réunions (16 à 22 %). Les contaminations en milieu familial élargi se faisaient majoritairement (55 à 80 %) lors d'occasions particulières (mariage, anniversaire, fêtes, etc.).

Les évènements de Noël et du réveillon du nouvel an ont été, à eux seuls, responsables respectivement de 30 % et 15 % des contaminations hors domicile sur la période du 06/12/2020 au 05/01/2021.

Toujours pour les contaminations hors domicile, entre 75 et 87 % ont eu lieu en intérieur, fenêtres fermées et 54 à 77 % avec un cas-index asymptomatique lors du contage. 52 % de ces contaminations hors domicile ont eu lieu lors d'un contact unique dont 80 % sans aucun port du masque (ni part le cas-index ni par le cas-contact).

Le 2^nd volet s'intéressent aux facteurs de risque de contamination en interrogeant 9702 cas et 4351 témoins appariés.

Les trajets en transport en communs étaient associés à une baisse de la contamination (entre 0 et -38 % en fonction du mode de transport) et le covoiturage à une augmentation (OR 1,58).

La présence d'enfants gardés en crèche (OR 1,76) ou par une assistante maternelle (OR 1,39) était significativement associée à une augmentation des contaminations, de même que d'enfants scolarisés en maternelle (OR 1,15), au collège (OR 1,27) ou au lycée (OR 1,29), mais pas en primaire.

Le télétravail partiel (OR 0,76) ou total (OR 0,70) était significativement associé à une diminution de la contamination.

• 02/02/2021 Efficacité des tests PCR salivaires et coût du diagnostic

Bastos ML, Perlman-Arrow S, Menzies D, Campbell JR. The Sensitivity and Costs of Testing for SARS-CoV-2 Infection With Saliva Versus Nasopharyngeal Swabs : A Systematic Review and Meta-analysis. Ann Intern Med. 12 janv 2021

Méta-analyse canadienne s'intéressant à la sensibilité des tests du COVID-19 sur prélèvement salivaire et à leur impact sur le coût du test. Elle retrouve 37 études sur 7169 patients ayant eu un double prélèvement (nasopharyngé (NP) et salivaire (Sa)). La spécificité était considérée comme égale à 100 %, ainsi, si l'un des deux tests était positif, le patient était considéré malade. La sensibilité du prélèvement Sa est de 86,9 % (IC 95 % [82,3;90,4 %]). Le prélèvement Sa est 3,4 % moins sensible que prélèvement NP mais de manière non significative (IC 95 % [-9,9;3,1 %]). Sur 1 étude, chez les patients de moins de 18 ans, la sensibilité est non-significativement plus basse de 9,3 % (IC 95 % [-26,1;7,5]) pour les tests Sa. Sur les patients symptomatiques, la sensibilité est 4,9 % (IC 95 % [-10,2;0,4 %]) plus basse pour les tests Sa. L'estimation économique se base sur un coût d'environ 7 € pour les prélèvements NP et d'environ 1,7 € pour les prélèvements Sa, la différence se faisant sur : le temps infirmier, l'écouvillon et le milieu de transport. Sur 100 000 personnes testées, avec une prévalence de 10 % de la maladie dans la population (soit 10 000 malades), l'utilisation de tests NP plutôt que Sa permettrait de diagnostiqué 786 cas supplémentaires (IC 95 % [-51,8;1659,9]) pour un coût supplémentaire d'environ 525 000 €.

Une autre méta-analyse retrouve des données similaires sur la sensibilité des prélèvements salivaires (13 études en commun) (Butler-Laporte et Al.).

• 15/12/2020 Clinique de patient atteints de COVID-19 à J100

Sonnweber T, Sahanic S, Pizzini A, Luger A, Schwabl C, Sonnweber B, et al. Cardiopulmonary recovery after COVID-19 – an observational prospective multi-center trial. Eur Respir J [Internet]. 10 déc 2020.

Étude observationnelle prospective, multicentrique, autrichienne s'intéressant à l'évolution cardiopulmonaire de patients atteints de COVID-19 à J60 et J100 du début de l'infection. 145 patients ont été suivi (75 % initialement hospitalisés) dont 133 jusqu'à J100. A ce terme, 41 % des patients présentaient toujours des symptômes (36 % de la dyspnée, 17 % de la toux, 24 % des sueurs nocturnes, 24 % des douleurs, 19 % de l'hypo-anosmie et 28 % des troubles du sommeil). Toujours à J100, 22 % des patients présentaient une réduction des débits pulmonaires à la spirométrie, 37 % une hypoxémie (PaO₂ < 75 mmHg), 12 % une élévation de la CRP et 63 % des anomalies radiologiques à la tomodensitométrie thoracique.

• 01/12/2020 L'âge de la population influence majeure du taux de létalité

Sudharsanan N, Didzun O, Bärnighausen T, Geldsetzer P. The Contribution of the Age Distribution of Cases to COVID-19 Case Fatality Across Countries : A Nine-Country Demographic Study. Ann Intern Med. 03 2020;173(9):714‑20.

Etude épidémiologique germano-étatsunienne s'intéressant au Case Fatality Rate (cf. infra) en fonction de la distribution en fonction de l'âge dans chaque pays. Le CFR est mesuré à 9,3 % en Italie, 2,6 % en France, de 1,6 % en Corée du Sud et de 0,7 % en Allemagne. La population dans les pays les plus touchées est aussi plus vieille. Les auteurs ont calculé le CFR si chaque pays avait la même pyramides des âges. Les CFR obtenus sont alors très resserrés : 3,9 % en Italie, 1,3 % en France, 1,9 % en Corée du Sud et 1,3 % en Allemagne. L'âge de la population d'un pays semble être un facteur majeur influençant le CFR.

• 01/12/2020 Courbe de décès toutes causes en France

INSEE. Synthèses pluriannuelles − Nombre de décès quotidiens | Insee [Internet]. 2020 [cité 1 déc 2020]. Disponible sur: https://www.insee.fr/

Résultats intermédiaires des décès, toutes causes confondues, en France entre 2015 et 2020. On note l'effet majeur de la 1^ère vague de COVID-19 au printemps 2020. Il ne semble pas y avoir de baisse significative de la mortalité en fin d'année 2020. A noter, un début de surmortalité à partir de mi-octobre 2020. Cette courbe n'analyse pas les causes de la mort, elle n'est donc pas le graphique des décès liés au COVID-19.

• 10/11/2020 COVID-19 + ventilation invasive ≥ 50 % de décès

Lim ZJ, Subramaniam A, Reddy MP, Blecher G, Kadam U, Afroz A, et al. Case Fatality Rates for COVID-19 Patients Requiring Invasive Mechanical Ventilation: A Meta-analysis. Am J Respir Crit Care Med. 29 oct 2020.

Méta-analyse australienne s'intéressant au Case-Fatality Rate (CFR, ou taux de létalité) des patients atteints de COVID-19 recevant une ventilation invasive. Le CFR est la proportion de décès chez les patients atteints d'une certaine maladie (ici des patients atteints de COVID-19 avec une ventilation mécanique). Selon les 69 études sélectionnées regroupant 57 420 patients, le CFR chez les patients jeunes (< 80 ans) est de 47,9 % (IC 95 % [46,4-49,4 %]. Le CFR chez les patients > 80 ans est de 84,4 % (IC 95 % [83,3-85,4 %]. Ainsi, dans les formes les plus graves, la mortalité du COVID-19 est très importante.

• 10/11/2020 L'immunité humorale disparait-elle au cours du temps ?

Ward H, Cooke G, Atchison C, Whitaker M, Elliott J, Moshe M, et al. Declining prevalence of antibody positivity to SARS-CoV-2: a community study of 365,000 adults. medRxiv. 27 oct 2020;2020.10.26.20219725.

Étude de séroprévalence britannique menée sur un large échantillon de patient de population générale. La séroprévalence a été mesuré dans 3 groupes (entre 100 000 et 150 000 patients par groupe) distincts de patients à 12, 18 et 24 semaines du pic épidémique en Angleterre. La séroprévalence est passée de 6,0 % (IC 95 % [5,8-6,1 %]) à 12 semaines du pic, à 4,8 % (IC 95 % [4,7-5,0 %]) à 18 semaines du pic puis à 4,4 % (IC 95 % [4,3-4,5 %]) à 24 semaines du pic. Soit une baisse de 26,3 % (IC 95 % [29,0-23,8 %]) en 3 mois. Cet article suggère donc une baisse de l'immunité humorale dans la population au cours du temps.

• 20/10/2020 Immunité humorale et patients asymptomatiques/peu symptomatiques

Shirin T, Bhuiyan TR, Charles RC, Amin S, Bhuiyan I, Kawser Z, et al. Antibody responses after COVID-19 infection in patients who are mildly symptomatic or asymptomatic in Bangladesh. Int J Infect Dis IJID Off Publ Int Soc Infect Dis. 5 oct 2020

Étude épidémiologique bangladaise s'intéressant à la séroconversion chez des patients atteins de COVID-19. L'étude porte sur 171 patients positifs à la PCR dont 63 patients asymptomatiques. Les 108 patients restants étaient atteints de COVID-19 bénin (sans signes de pneumopathie ni d'hypoxémie et ne nécessitant pas d'hospitalisation). Les patients symptomatiques étaient principalement des hommes (69 %) âgés de 1,5 à 77 ans (m = 38 ans). Les patients asymptomatiques étaient principalement des hommes (63 %) âgés de 15 à 90 ans (m = 33 ans). A J14 de la PCR, 95 % des patients symptomatiques ont développé des IgG et 100 % à J30. Chez les patients asymptomatiques, seuls 45 % des patients ont développés des IgG à J30.

• 15/10/2020 Surmortalité toutes causes

Bilinski A, Emanuel EJ. COVID-19 and Excess All-Cause Mortality in the US and 18 Comparison Countries. JAMA. 12 oct 2020

Etude américaine s'intéressant à la mortalité liée au COVID-19 et à l'excès de mortalité toutes causes confondues dans des pays riches de plus de 5 millions d'habitants entre février 2020 et juillet 2020. Les données de 2020 sont comparées aux moyennes des années 2015 à 2019. Elle retrouve une surmortalité toutes causes dans tous les pays étudiés à l'exception de la Norvège. Il semble y avoir une corrélation entre mortalité liée au COVID-19 et l'excès de mortalité toutes causes. Le pays avec la surmortalité toutes causes la plus importante est l'Espagne avec un excès de 102,2 décès/100 000 habitants. La France est en excès de 51,5 décès/100 000 habitants. La Norvège, qui a rapporté 5,0 décès/100 000 habitants liés au COVID-19, présente une baisse de la mortalité toutes causes confondues de - 2,6 décès/100 000 habitants. Dans certains pays, la surmortalité toutes causes confondues retrouvées depuis le début de l'épidémie pourrait être en régression, avec une baisse de la mortalité toutes causes (ex : - 6,4 décès/100 000 habitants en Belgique depuis juin 2020).

Pour rappel, le taux de mortalité moyen en France entre 2015 et 2019 était de 900/100 000 habitants. L'excès serait donc de + 5,7 % en 2020 par rapport aux années précédentes.

• 13/10/2020 Épidémiologie en France

Institut National de la Santé et de la REcherche Médicale (INSERM). Premiers résultats des enquêtes de santé publique de l’Inserm sur la Covid-19 : facteurs de risque individuels et sociaux. Communiqué de presse [En ligne]. 09 oct 2020. Disponible sur : presse.inserm.fr

Communiqué de presse donnant les résultats préliminaires des études SAPRIS et EpiCoV menées par l'INSERM et s'intéressant aux facteurs de risques individuels et sociaux liés au COVID-19. Ces études portent sur des populations de 130 000 personnes, ces résultats sont partiels et ne donnent pas de résultats sur l'ensemble de la cohorte.

Entre mai et juin 2020, la séroprévalence est estimée à 4,5 % au niveau nationale et 1,9 % en Normandie. Il y a une forte relation entre positivité et âge avec une augmentation jusqu'à 30 ans, un pic entre 30 et 50 ans puis une diminution. La séroprévalence est de 11 % chez les professionnels de santé.

Des conditions de vie moins favorables (logement surpeuplé ou exigu ; commune très densément peuplée ; jeune adulte sans diplôme) augmentent la prévalence de la maladie.

Les inégalités semblent avoir été accentuées par l'épidémie. Le taux de personnes avec un emploi qui n'ont pas travaillé durant le confinement est plus élevé chez les sujets jeunes que chez les plus agés et chez les ouvriers que chez les cadres. Le chômage partiel a concerné environ 15 % de la population avec un recours plus important pour les jeunes, les ouvriers, les immigrés de 1^ère génération que pour les autres catégories sociales.

• 15/09/2020 Méta-analyse sur les réinfections du COVID-19

Arafkas M, Khosrawipour T, Kocbach P, Zielinski K, Schubert J, Mikolajczyk A, et al. Current meta-analysis does not support the possibility of COVID-19 reinfections. J Med Virol [Internet]. [cité 15 sept 2020];n/a(n/a). Disponible sur : https://onlinelibrary.wiley.com

Méta-analyse internationale évaluant la possibilité d'une réinfection au SARS-Cov-2. L'étude retrouve 15 articles évoquant de possibles rechutes. Le suivi des patients n'a pas dépassé 90 jours et toutes les études se basent sur une positivité tardive des examens complémentaires (PCR ou tomodensitométrie) sans prise en compte des symptômes. La variabilité de la positivité de la PCR dans le temps et l'absence d'association certaine entre PCR positive et maladie active ne permettent pas de suspecter la survenue de réinfection, au moins, dans les 90 premiers jours après le début des symptômes.

• 16/06/2020 Tabagisme et aggravation du COVID-19

Patanavanich R, Glantz SA. Smoking is Associated with COVID-19 Progression: A Meta-Analysis. medRxiv [Internet]. 16 avr 2020 [cité 16 juin 2020]; Disponible sur: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Méta-analyse étatsunienne s'intéressant à l'impact du tabac sur "l'aggravation" du COVID-19. 12 articles ont été inclus dans l'analyse. L'aggravation se définit par un critère composite regroupant : décès et/ou admission en soins intensifs et/ou signes de détresses respiratoires et/ou majoration de l'oxygénodépendance. Le facteur de risque est la présence d'un antécédent de tabagisme (sevré ou non). Sur les 9025 patients inclus dans l'étude, le tabagisme était significativement associé à l'aggravation du COVID-19 (OR = 2,25 IC95 % [1,49;3,39]).

• 28/05/2020 Facteurs de positivité de la PCR en soins premiers

De Lusignan S, Dorward J, Correa A, Jones N, Akinyemi O, Amirthalingam G, et al. Risk factors for SARS-CoV-2 among patients in the Oxford Royal College of General Practitioners Research and Surveillance Centre primary care network: a cross-sectional study. Lancet Infect Dis. 15 mai 2020;

Etude de cohorte britannique en soins premiers s'intéressant aux facteurs de risque de positivité d'une PCR à la recherche du SARS-CoV-2. Les hommes (OR = 1,55 IC95 % [1,27;1,89]), les citadins (OR = 4,59 IC95 % [3,57;5,90]), les habitants de zones défavorisées (OR = 2,03 IC95 % [1,51;2,71]), les obèses (OR = 1,41 IC95 % [1,04;1,91]) étaient plus à risque d'être positif au SARS-CoV-2. Les fumeurs l'étaient moins (OR = 0,49 IC95 % [0,34;0,71]).

• 18/05/2020 Mortalité toute cause en Italie du Nord

Piccininni M, Rohmann JL, Foresti L, Lurani C, Kurth T. Use of all cause mortality to quantify the consequences of covid-19 in Nembro, Lombardy: descriptive study. BMJ. 14 mai 2020;369:m1835.

Etude épidémiologique observationnelle italienne s'intéressant à l'augmentation de mortalité toute cause durant le pic épidémique du COVID-19 à Nembro (Lombardie). Entre janvier 2012 et février 2020, la mortalité toute cause confondue était environ de 10 pour 1000 personnes-années (soit 10 décès pour 1000 personnes suivi pendant 1 an), avec un maximum à 21,5 pour 1000 personnes-années. En mars 2020, l'incidence était de 154,4 pour 1000 personnes-années. Sur les 11 premiers jours d'avril, la mortalité toute cause confondue était de 23,0 pour 1000 personnes-années.

• 18/05/2020 BPCO et tabagisme actif

Alqahtani JS, Oyelade T, Aldhahir AM, Alghamdi SM, Almehmadi M, Alqahtani AS, et al. Prevalence, Severity and Mortality associated with COPD and Smoking in patients with COVID-19: A Rapid Systematic Review and Meta-Analysis. PloS One. 2020;15(5):e0233147.

Revue systématique de la littérature britannique s'intéressant aux liens entre tabac, BPCO et COVID-19. Elle a inclus 15 études dans l'analyse définitive regroupant 2473 patients dont 58 atteins de BPCO et 193 fumeurs. La prévalence de la BPCO dans ces études était de 2 %, la sévérité était supérieure chez les patients BPCO (RR = 1,88 IC95 % [1,4;2,4]), la mortalité ne l'était pas significativement (RR = 1,10 IC95 % [0,6;1,8]). Deux études ont analysé le tabagisme. Elles ont retrouvés que le tabagisme actif était associé à un plus fort risque de forme grave (RR = 1,45 IC95 % [1,03;2,04]).

• 18/05/2020 Syndrome de Kawasaki

Verdoni L, Mazza A, Gervasoni A, Martelli L, Ruggeri M, Ciuffreda M, et al. An outbreak of severe Kawasaki-like disease at the Italian epicentre of the SARS-CoV-2 epidemic: an observational cohort study. Lancet Lond Engl. 13 mai 2020.

Étude observationnelle rétrospective italienne s'intéressant au syndrome de Kawasaki chez les enfants. Elle comparait les malades pris en charge d'en un hôpital avant le début de l'épidémie de COVID-19 en Italie contre les malades pris en charge dans le même hôpital après le début de l'épidémie. L'incidence était significativement plus importante (0,3 par mois avant contre 10 par mois après l'épidémie (p < 0,00001). La gravité du syndrome était plus importante : anomalies échocardiographiques (2/19 patient (10 %) vs 6/10 patients (60 %), p = 0,0089), le syndrome de choc de la maladie Kawasaki (nécessitant des soins intensifs) (0/10 patients (0 %) vs 5/10 patients (50 %), p = 0,021) et le syndrome d'activation macrophagique (maladie entraitant une dérégulation de la réponse immunitaire cytokinique, souvent mortelle) (0/10 patients (0 %) vs 5/10 patients (50 %), p = 0,021).

• 18/05/2020 Enfants

Ludvigsson JF. Systematic review of COVID-19 in children shows milder cases and a better prognosis than adults. Acta Paediatr Oslo Nor 1992. 2020;109(6):1088‑95.

Revue systématique de la littérature suédoise s'intéressant aux données disponibles pour les enfants atteins de COVID-19. Elle retrouve que les enfants représentent entre 1 et 5 % des cas dans le monde. Elle retrouve que les symptômes sont aussi très variables : syndrome pseudo-grippal, sifflements respiratoires (type sibilants), diarrhée et/ou vomissements. La gravité est très faible, sauf peut-être chez les moins de 1 an. Des cas critiques sont encore plus rares de 0,6 à 1,8 %). Dans l'une des études citées, tous les enfants hospitalisés en soins intensifs avaient au moins une comorbidité. Il semble que la mortalité est très faible (sans détails dans cet article).

• 13/05/2020 Lésions dermatologiques

Tang K, Wang Y, Zhang H, Zheng Q, Fang R, Sun Q. Cutaneous manifestations of the Coronavirus Disease 2019 (COVID-19): a brief review. Dermatol Ther. 7 mai 2020;

Revue narrative chinoise de la littérature s'intéressant aux éruptions cutanées chez des patients positifs au COVID-19. Elle inclue 16 études pour 256 patients positifs présentant des signes cliniques dermatologiques. L'exanthème était très variable. Il était présenté principalement par une éruption érythémateuse, prurigineuse et vésiculeuse (équivalent de varicelle). Des pétéchies, de la livedo ou des réactivations d'herpès étaient aussi observés. L'éruption débutait au tronc et s'étendait à l'ensemble du corps.

• 13/05/2020 Évolution épidémique à la levée du confinement en France et efficacité des mesures post-confinement

Hoertel N, Blachier M, Blanco C, Olfson M, Massetti M, Sanchez Rico M, et al. Lockdown exit strategies and risk of a second epidemic peak: a stochastic agent-based model of SARS-CoV-2 epidemic in France [Internet]. 2020. Disponible sur: https://www.medrxiv.org/

Etude épidémiologique française s'intéressant à l'évolution épidémique à la levée du confinement. Les données démographiques françaises, le nombre de lit d'hospitalisation en soins intensifs et les facteurs de risques de forme grave d'infection à COVID-19 ont été pris en compte dans le modèle. Les mesures post-confinement utilisées sont : le port du masque, le maintien de la distanciation social, le testing systématique des sujets suspects et des personnes contacts (sous 48h). En l'absence de mesure post-confinement, la saturation des soins intensifs se ferait en quelques semaines. L'utilisation de masque et de maintien de la distanciation sociale permettrait une réduction du nombre de cas et des décès (- 60 %) et de retarder la saturation des soins intensifs mais sans l'empêcher. L'application des mesures précédentes associée à la poursuite d'un strict confinement des personnes vulnérables (> 65 ans, facteurs de risques, …) pendant 38 semaines supplémentaires serait le seul scénario qui permettrait de ne pas saturer les services de soins intensifs. Cette association permettrait aussi de diminuer la mortalité de 62 % par rapport à ces mesures mais sans le maintien du confinement des personnes vulnérables. L'adhésion aux mesures de levée de confinement serait corrélée à une meilleure efficacité de ces mesures.

• 13/05/2020 Outils de projection de l'évolution épidémique

Noll NB, Askamentov I, Druelle V, Badenhorst A, Jefferies G, Albert J, et al. COVID-19 Scenarios: an interactive tool to explore the spread and associated morbidity and mortality of SARS-CoV-2. medRxiv. 7 mai 2020;2020.05.05.20091363.

Article détaillant la mise en place d'un outil de simulation épidémiologique permettant de visualiser l'évolution de la morbi-mortalité du COVID-19 en fonction de données modifiables établi. En utilisant les données française (67 063 703 habitants, 408 245 lits d'hospitalisation, 19 326 lits de soins intensifs/réanimation et 12 patients contaminés au 12/02/2020), nous obtenons au 31/08/2020, en l'absence de stratégie de contrôle de l'infection : 880 000 morts et 63 millions de guérie, les soins intensifs sont dépassés de début avril à fin juin.

•   13/05/2020 Transmission virale en période pré-symptomatique

Liu Q, Zhu J, Liu Z, Zhu Y, Zhou L, Gao Z, et al. Transmission in Latent Period Causes A Large Number of Infected People in the United States. medRxiv. 11 mai 2020;2020.05.07.20094086.

Etude épidémiologique chinoise s'intéressant au taux de reproduction (R0) du COVID-19 aux Etats-Unis avant le 29/04/2020. Le R0 représente le nombre de personnes contaminées par une personne malade en moyenne. Il est estimé ici à 4,06 (IC 95 % [1,86;6,73]). Il est estimé que 55,3 % (IC 95 % [55,1;60,0]) des infections sont transmises par des personnes durant la période d'incubation. Ceci montre l'intérêt d'un isolement des personnes-contacts.

• 05/05/2020 Facteurs de risque de forme grave

Wang B, Li R, Lu Z, Huang Y. Does comorbidity increase the risk of patients with COVID-19: evidence from meta-analysis. Aging. 8 avr 2020;12(7):6049‑57.

Revue systématique de la littérature avec méta-analyse chinoise s'interessant aux facteurs de risque d'aggravation du COVID-19 (basée sur le passage en soins intensifs ou sur les symptômes). Elle a inclus 6 études rétrospectives pour un total de 1558 patients. L'hypertension artérielle (OR = 2,29 IC95 % [1,69;3,10]), le diabète (OR = 2,47 IC95 % [1,67;3,66]), la BPCO (OR = 5,97 IC95 % [2,49;14,29]), les maladies cardiovasculaires (OR = 2,93 IC95 % [1,73;4,96]) et les accidents vasculaires cérébraux (OR = 3,89 IC95 % [1,64;9,22]) sont des facteurs de risques de forme grave de COVID-19. Les maladies hépatiques, l'insuffisance rénale et les cancers ne sont pas retrouvés comme facteurs de risque.

• 05/05/2020 Estimation des décès en institution

Etard J-F, Vanhems P, Atlani-Duault L, Ecochard R. Potential lethal outbreak of coronavirus disease (COVID-19) among the elderly in retirement homes and long-term facilities, France, March 2020. Euro Surveill Bull Eur Sur Mal Transm Eur Commun Dis Bull. 2020;25(15).

Etude épidémiologique française s'interessant au nombre de décès potentiel en EHPAD ou en unités de soins de longue durée dans le cadre de la pandémie de SARS-CoV-2. Sur une population d'environ 760 000 personnes, le nombre de décès est estimé entre 8 682 (1 %) et 24 177 (3 %) personnes, dépendant du taux d'attaque et du pourcentage d'institution touchée. 

• 01/05/2020 Risque de transmission et intérêt du contact-tracing

Bi Q, Wu Y, Mei S, Ye C, Zou X, Zhang Z, et al. Epidemiology and transmission of COVID-19 in 391 cases and 1286 of their close contacts in Shenzhen, China: a retrospective cohort study. Lancet Infect Dis. 27 avr 2020.

Etude de cohorte rétrospective chinoise avec 391 cas et 1286 personnes-contacts s'intéressant au risque de transmission. Le taux de malade était le même chez l'enfant et en population générale (7,4 % vs 6,6 %). Le temps moyen d'incubation était de 4,8 jours (IC95 % [4,2;5,4]). Il a été estimé qu'environ 5 % des patients développerait les symptômes après 14 jours. La durée médiane des symptômes était de 20,8 jours (IC95 % [20,1;21,5]). Le risque d'être contaminé était 6,27 fois plus grand en présence d'un cas au domicile (IC95 % [1,49;26,33]. Les cas détectés en utilisant une surveillance des symptômes étaient confirmés plus tard que les cas détectés en utilisant le contact-tracing (repérage rapide des sujets contacts pour les isoler avant l'apparition des symptômes) (5,5 jours vs 3,2 jours après le début des symptômes). Le contact-tracing permettait un raccourcissement du temps avant l'isolement (2,7 jours vs 4,6 jours après le début des symptômes).  

• 01/05/2020 Intérêt des signes cliniques

Fontanet A, Tondeur L, Madec Y, Grant R, Besombes C, Jolly N, et al. Cluster of COVID-19 in northern France: A retrospective closed cohort study. medRxiv. 23 avr 2020;2020.04.18.20071134 .

Étude de cohorte rétrospective sur 661 participants dans l'Oise. Les symptômes et les sérologies ont été étudié. L'âge moyen était de 37 ans (IC95 % [16;47]). 25,9 % des sérologies étaient positives. Les patients positifs aux sérologies étaient considérés comme malade. Le tableau 1 rapporte les valeurs diagnostics de chaque symptôme. Le tabagisme était associé à un risque d'infection inférieure (OR = 0,23 IC95% [0,09;0,59]). Dans un échantillon de prélèvements réalisés auprès de l'établissement français du sang, il y avait 3 % de positivité des sérologies.

Le rapport de vraisemblance positif (RV+) est le rapport entre la probabilité de présenter un test positif quand la personne est malade et la probabilité de présenter un test positif quand la personne n'est pas malade. Un RV+ de 2,2 permet de multiplier la probabilité de la maladie par 2,2 s'il est présent.

Le rapport de vraisemblance négatif (RV-) est le rapport entre la probabilité de présenter un test négatif quand la personne est malade et la probabilité de présenter un test négatif quand la personne n'est pas malade. Un RV- de 0,7 permet de multiplier la probabilité de la maladie par 0,7 s'il est absent.

Ainsi, si la prévalence de la maladie est de 3 % dans la population générale et si un patient présente de la fièvre. Alors la probabilité de la malade passe à 6,6 %. S'il n'en a pas, elle passe à 2,1 %.

• 24/04/2020 Anosmie et agueusie dans le COVID-19

Yan CH, Faraji F, Prajapati DP, Boone CE, DeConde AS. Association of chemosensory dysfunction and Covid-19 in patients presenting with influenza-like symptoms. Int Forum Allergy Rhinol. 12 avr 2020;

Etude états-unienne s'intéressant aux symptômes cliniques de 262 patients ayant été testés par PCR. L'anosmie et l'agueusie étaient plus fréquemment retrouvées chez les patients COVID-19 positifs (respectivement : OR = 10,9 IC95 % [5,08;23,5] et OR = 10,2 IC95 % [4,74;22,1]). La douleurs/gêne pharyngée était négativement associée au COVID-19 (OR = 0,23 IC95 % [0,11;0,50]. Cependant, le faible taux de réponse des témoins et l'utilisation d'une seule PCR pour le diagnostic peuvent aboutir à de nombreux faux négatifs.

• 15/04/2020 Contagiosité présymptomatique

Wei WE, Li Z, Chiew CJ, Yong SE, Toh MP, Lee VJ. Presymptomatic Transmission of SARS-CoV-2 - Singapore, January 23-March 16, 2020. MMWR Morb Mortal Wkly Rep. 10 avr 2020;69(14):411‑5.  

Rapport du CDC (Centers for Disease Control and prevention) singapourien faisant suspecter que la contagiosité pré-symptomatique (avant l'apparition des symptômes) durerait de 1 à 3 jours et concernerait 6,4 % des cas locaux.

• 15/04/2020 Durée des symptômes, hospitalisation, létalité

Verity R, Okell LC, Dorigatti I, Winskill P, Whittaker C, Imai N, et al. Estimates of the severity of coronavirus disease 2019: a model-based analysis. Lancet Infect Dis [Internet]. 30 mars 2020 [cité 9 avr 2020]; Disponible sur: https://www.thelancet.com/  

Etude épidémiologique descriptive s'intéressant aux caractéristiques du virus. Elle se base sur des données internationales (jusqu'au 25 février 2020) de 38 pays (incluant la Chine continentale) fournit par les autorités de santé des différents pays. Le taux de létalité est estimé à 1,38 % des cas en population générale (0,0026 % pour les cas de 0 à 9 ans ; 5,79 % pour les cas de 60 et 69 ans ; 12,7 % pour les cas de 70 à 79 ans et 23,3 % pour les cas ≥ 80 ans). Le taux d'hospitalisation varie de 0,00 % pour les cas de 0 à 9 ans à 18,4 % pour les cas ≥ 80 ans. La durée des symptômes est estimée à 17,8 jours en Chine et 24,7 jours pour les autres pays.

• 15/04/2020 Facteurs de risque de durée des symptômes

Mo P, Xing Y, Xiao Y, Deng L, Zhao Q, Wang H, et al. Clinical characteristics of refractory COVID-19 pneumonia in Wuhan, China. Clin Infect Dis Off Publ Infect Dis Soc Am. 16 mars 2020.

Etude de cohorte rétrospective chinoise de 155 patients hospitalisés pour COVID-19 s'intéressant aux facteurs de risque pour un critère de jugement composite sur la durée des symptômes (Patients présentant un soulagement des symptômes respiratoires après le traitement et/ou température corporelle normale pendant ≥ 3 jours sans utilisation de corticostéroïdes ou d'antipyrétiques et/ou amélioration des anomalies radiographiques et/ou séjour à l'hôpital de ≤ 10 jours. Sinon, il a été classé comme réfractaire COVID-19 vs les patients ne respectant pas ces critères). Un patient plus âgé (moyenne 61 vs 46 ans), un sexe masculin, la présence de co-morbidité, le diabète, les maladies cardiovasculaires, un essoufflement étaient significativement associés à une durée prolongée des symptômes, en analyse univariée. En analyse multivariées, seuls le sexe masculin (OR = 2,206 IC95 % [1,012;4,809]) et l'anorexie (OR = 3,921 IC95 % [1,444;13,443]) étaient significativement associés à une durée prolongée des symptômes.

• 09/04/2020 Facteurs de risque de mortalité

Zhou F, Yu T, Du R, Fan G, Liu Y, Liu Z, et al. Clinical course and risk factors for mortality of adult inpatients with COVID-19 in Wuhan, China: a retrospective cohort study. Lancet Lond Engl. 28 2020;395(10229):1054‑62.

Étude de cohorte rétrospective chinoise de 191 patients adultes atteins de COVID-19 s'intéressant aux facteurs de risque de mortalité. Les analyses uni-variées retrouvent que le risque de décès est significativement supérieur en cas d'antécédent de coronaropathie (OR = 21,40, IC95 % [4,64;98,76]), de diabète (OR = 2,85, IC95 % [1,35;6,05]) et d'hypertension artérielle (OR = 3,05, IC95 % [1,57;5,92]) ainsi que lorsque la fréquence respiratoire est supérieure à 24 cycles/minute (OR = 8,89, IC95 % [4,34;18,19]). Cependant, les analyses multivariées ne retrouvent que l'âge comme facteur de risque clinique potentiel (OR = 1,10, IC95 % [1,03;1,17] pour chaque année supplémentaire).

• 09/04/2020 Impact du confinement sur l'épidémie

Flaxman S, Mishra S, Gandy A, Unwin H, Coupland H, Mellan T, et al. Report 13: Estimating the number of infections and the impact of non-pharmaceutical interventions on COVID-19 in 11 European countries [Internet]. 35. 2020 mars [cité 1 avr 2020]. 

Rapport britannique sur l'impact possible des interventions de confinement dans 11 pays européens durant l'épidemie de COVID-19. Au 31 mars 2020, les interventions de confinement auraient permis une diminution de 59 000 décès (IC95% [21 000;120 000] par rapport à l'absence d'intervention dans ces 11 pays. En France, à la même date, elles auraient permis une diminution de 2 500 décès (IC95% [1 000;4 800]).